Les vies

Il était temps de se documenter sur la vie au niveau moléculaire, et d'avoir les idées claires sur toutes ces petites bêtes, c'est en nous après tout.

ADN, ARN, l'usine à protéines

D'abord l'ADN dans les noyaux des cellules eucaryotes (celles qui ont un noyau). Les cellules des animaux et des plantes et des structures multi cellulaires. L'ADN contient l'information permettant la fabrication de la vraie structure de l'organisme, faite de protéines (l'ADN lui même, bien sur, mais aussi les neurotransmetteurs, les hormones et les enzymes). Les protéines sont formées de chaines d'acides aminés choisis parmi  20 reliés par des liaisons "peptides". 

L'ADN est formé lui de DEUX chaines d'acides aminés choisis parmi 4 (Adénine, Guanine, Cytosine, et Thymine).

L'ADN dans le noyau est  utilisé pour fabriquer de l'ARN pré-messager par l'ARN polymérase, qui  écarte les 2 chaines et produit comme une fermeture éclair une chaine simple. La Thymine disparait, remplacée par l'Uracile dans l'ARN.

Pour la petite histoire le D de ADN c'est "désoxyribonucléique", alors que le R est "ribonucléique". 

Toujours dans le noyau, se produit alors une maturation par épissage pour produire des chaines d'ARN-m (mature ou messager). En effet, alors qu'on a 30 000 gènes, on a un million de protéines à fabriquer: formée d'exons et d'introns, les chaines d'ARN pre-m sont découpées et recollées, on supprime les introns et aussi certains exons pour obtenir un nombre de modèles encodés beaucoup plus grand formé d'ARN-m. Puis les chaines d'ARN-m sont expulsées du noyau (ils passent par des petits trous du noyau) et se retrouvent dans le cytoplasme de la cellule. 

C'est là que les ribosomes entrent en scène. Ils sont chargés d'interpréter les brins d'ARN-m pour fabriquer des protéines. 

L'encodage des protéines est fait par les codons, groupes de 3 acides aminés significatifs associés à un acide aminé à produire. L'encodage est redondant  et universel (TOUT le vivant utilise exactement le même système de conversion). 

Le ribosome se fixe sur la chaine et avance comme une tête de lecture. Un brin d'ARN est utilisé plusieurs fois, puis est détruit. 

Et voilà. 

Les mitochondries

Dans le cytoplasme des cellules, on trouve jusqu'à plusieurs milliers de sous-cellules, les mitochondries, cela sauf pour les globules rouges qui n'en ont aucune... Elles fabriquent l'ATP (Adenosine Triphosphate) molécule essentielle au transfert de l'énergie lors du métabolisme dans TOUS les organismes.

Les mitochondries ont un ADN propre, ce qui fait que celles du sperme étant éliminées, les mitochondries d'un organisme seraient exclusivement femelles, mais en fait "pas que", ce qui obère un peu la réalité de l'Eve primordiale dont on a sans doute tort de proclamer la réalité... 

 

Les virus

Les virus c'est tout ce qui utilise ces principes pour hacker à mort l'usine à protéines. On a toutes sortes de virus, qui ne sont pas cellulaires mais formés d'assemblages de protéines capables de détourner la machinerie cellulaire pour se reproduire, et aussi pour perturber les cellules. Ils peuvent être à ARN, à ADN simple ou double chaine. 

Certains virus sont à ARN et ne se reproduisent QUE dans le cytoplasme, d'autres entrent dans le noyau de la cellule et y introduisent de l'ADN en simple ou double chaine selon les cas. Les "rétro virus" fabriquent de l'ADN à partir de leur ARN (grâce à une enzyme vicieuse, la "transcriptase inverse"). Le VIH EST un rétro virus. 

Le vivant est donc, c'est Raoult qu'a raison, un assemblage hybride de cellules et de virus qui se croisent sans arrêts... 

Cela va d'ailleurs assez loin. On pense par exemple que la fonction placentaire (le fait d'avoir un placenta, partie de l'organisme du foetus) serait en fait du à un rétrovirus qui se serait installé dans le génome des primates il y a 40 Millions d'années (1).

Protéines et enzymes

Les enzymes, des catalyseurs de réactions variées sont des protéines comme les autres... Un point intéressant est que la protéine se lie biologiquement au reste du monde du fait de sa structure tridimensionelle. Cette structure dépend des interactions entre les acides aminés qui la consititue et des liaisons variées qui se manifestent: l'ensemble se tortille de manière complexe, les blocs en 3D s'opposant ou se liant les uns aux autres.

Deep Mind, la boite de Demis Hassabis qui a fini avec le Go prédit ces structures et va le faire pour les 200 millions de protéines connues, il en est à 200 000 décrites pour l'instant (Juillet 2021)... L'idée apparamment est de lier les effets d'une protéine à sa structure tridimensionnelle, qu'on peut associer à des séquences d'acides aminés synthétisables...

Le système immunitaire. 

La défense de l'organisme c'est dans le sang, qui convoie les leucocytes ou globules blancs. On a parmi eux les macrophages ou monocytes, responsables de l'immunité innée, capable de reconnaitre et de phagocyter bien des ennemis et les lymphocytes en charge de l'immunité acquise, intelligente, la vraie, la grande.

L'ennemi c'est l'"antigène", n'importe quoi de pas bien qu'on reconnait comme "autre" et qu'on doit détruire, tuer, massacrer et bouffer. Certains leucocytes, les macrophages (avec leur grands pods) sont spécialisés dans ces attaques.

Les lymphocytes sont B (Bone car provenant de la moelle osseuse) pour l'immunité humorale et T pour (provenant du Thymus) pour l'immunité cellulaire, en charge des pathogènes intra cellulaires.

Un lymphocyte B fabrique  des anticorps spécifiques d'un antigène donné, mais après sélection et reproduction sous une forme spécialisée. Les anticorps vont se fixer aux antigènes pour former des complexes accessibles à la phagocytose. 

La sélection se fait via des macrophages qui leur "présentent" des antigènes. Ils se transforment alors en plasmocytes capables de produire les anticorps correspondants. Cette histoire de "présentation" fait toute l'affaire, c'est le fait des molécules du CMH (complexe majeur d'histocompatibilité)... On a ainsi des amis qui présentent des ennemis, de manière à ce qu'on puisse les reconnaitre. 

Les lymphocytes T sont de plusieurs sortes certaines favorisant la transformation des Lymphocytes B en plasmocytes, et aussi des T en T cytotoxiques c'est à dire capable de bouffer tous seuls les antigènes. Tout cela du fait de la "présentation" d'antigènes... Les cytokines (des hormones mystérieuses, dont l'interféron) jouent un rôle dans la selection des Lymphocites T. 

Le VIH cible les lymphocytes T. 

Le système immunitaire est abominablement complexe et différencié, reste largement inconnu et fait toujours  l'objet de recherches sur ses fonctions et mécanismes... 

 

Les Vaccins 

Il y a toute sorte de vaccins, mais l'idée est toujours la même: faire apparaitre un "antigène" qui déclenche une réponse immunitaire (la fabrication des Lymphocytes B et T qu'il faut) sans déclencher la maladie elle-même,  de manière que l'agent infectieux reconnu donc par avance se fasse bousiller d'emblée avant toute multiplication dommageable. 

La vaccination peut être humorale (B) et cellulaire (T) ou que humorale.

Un vaccin peut être un virus inactivé (produit pour ne pas se répliquer à la température du corps humain, contrairement au vrai virus), ou simplement atténué. On rajoute des adjuvants (les fameux sels d'alumine que les antivaxx accusent de tous les maux sans trop de raison) pour accentuer la réponse immunitaire. 

On peut aussi ne prendre du virus que ce qui fait qu'on le reconnait (...) par exemple l'une ou les protéines de sa surface, s'il est un virus enveloppé ou de sa capside (coque entourant son matériel génétique). La fameuse protéine "spyke" du SarsCov2 est la protéine de surface par excellence. C'est la pointe de la couronne du "corona". 

Dans le cas de l'hépatite B, on produit par génie génétique une de ces protéines, dite "recombinante" pour l'injecter comme vaccin directement. Ces protéines se "recombinent" pour former un pseudo virus "de surface" capable de servir d'antigène reconnaissable. 

Un vaccin à ARNm (le Pfitzer, ou le Moderna) va stimuler directement la production de spykes dans le cytoplasme des cellules et produire un antigène acceptable. Il suffit qu'il porte l'ARNm codant la spyke. Comme expliqué par de trop "communicants" vulgarisateurs, il n'y a pas ICI de pénétration dans le noyau de la cellule, même si la chose est par ailleurs  tout à fait possible en fait, comme expliqué plus haut. Un tel vaccin est humoral ET cellulaire. Ce qui est marrant, c'est que l'ARNm injecté est transporté dans une nanoparticule.

Un vaccin à adénovirus (le Spoutnik, ou l'AstraZeneca) lui est un virus à ADN dans lequel on a injecté de l'ADN produit par transcriptase inverse de l'ARN SarsCov2, capable donc de produire plus tard par transcription, l'ARN capable de fabriquer du spyke. C'est donc ce vaccin là qui nous transforme en OGM ou plutôt qui fait de la mutagénèse intersectionnelle... 

Plus exactement il s'agit de vaccin à "vecteur viral" qui s'introduit dans le noyau de certaines cellules (pas de toutes) pour leur faire fabriquer de l'arn qui va ensuite sortir du noyau pour aller fabriques les protéines nécessaires...  

De quoi stimuler nos oncogènes, bonjour le vaccin non pas qui guérit du cancer, mais qui le donne... 

Un autre truc rigolo c'est  le coup des virus "recombinant" c’est-à-dire qui s'échangent des bouts d'ARN (ou d'ADN) s'ils font partie de la même famille. Lors de l'introduction d'un adénovirus vaccinant, si un virus du même genre est déjà présent, il y a possibilité de recombinaison et donc de fabrication d'un virus innovant, par exemple ultra méchant et qui pourrait se répandre... Un risque de 10-7 sur un milliard de vacciné, ça fait 100 personnes contaminées, suffisamment pour produire une pandémie globale après incubation. 

Bref, le vaccin covid est pris en étau dans une pince à 3 branches: un vaccin à ARN ultra innovant dont on ne connait pas les effets à long terme, MAIS qui ne travaille que dans le cytoplasme, un vaccin à ADN qui rentre dans le noyau ce qui fait peur, ou un vaccin classique (un virus désactivé) peu efficace... Cela avec une épidémie qui s'éteint...

Un autre type de vaccin (le Novavax, pour ne pas le nommer, et le Sanofi à venir parait-il) est directement fait d'une injection de protéine (Spikes bien sur) fabriquée en lab par avec des cellules maison... 

Au sujet des vaccins, on notera que l'invention des techniques à ARN messager est due à une hongroise évadée de Hongrie en 1982 avec un ours en peluche gavé des économies de sa famille, Kararin Kariko. Pressentie pour le prix Nobel, ses recherches furent utilisées dans le vaccin de la société BioNtech, fondée en Allemagne par deux turcs, et associée à Pfizer pour la fabrication d'un vaccin contre le covid, sur la base d'études sur un vaccin contre le cancer. La totale. Evidemment tout ceci est trop beau, Kariko n'a rien inventé, et c'est Robert Malone, un thésard qui dès 1987 eut l'idée de l'ARNm à utiliser pour les vaccins... Il fut escroqué par une startup qui lui piqua tous les brevets qu'il déposa... L'horreur en fait, redoublée par le fait  que le monsieur est anti vax, pour lui la spykes est toxique et la faire générer est un crime.

 

(1) l'article des français sur le placenta viral : https://www.medecinesciences.org/en/articles/medsci/full_html/2011/02/medsci2011272p163/medsci2011272p163.html

2) https://www.linkedin.com/pulse/history-how-mrna-vaccines-were-discovered-jill-glasspool-malone-phd/